Pada tahun 1994, ada gejolak di hati para alumnus STAN (Sekolah Tinggi Akuntansi Negara) – Program Diploma Keuangan  yang bekerja sebagai pegawai di lingkungan Departemen  Keuangan dan BPKP (Badan Pemeriksa Keuangan dan Pembangunan) di wilayah Jawa Timur. Kegelisahan itu muncul melihat belum adanya suatu lembaga formal yang dapat memberikan solusi terpadu tentang masalah ekonomi dan sosial di kalangan umat Islam khususnya di Jawa Timur.

Maka tepat pada 17 September 1995 bertempat di malang, para alumni sepakat untuk membentuk sebuah wadah yang bergerak di bidang penghimpunan dana zakat, infaq, dan shadaqah yang selanjutnya dilakukan pendistribusian dan pengelolaan yang tepat. Kemudian berdirilah Yayasan Lembaga Manajemen Infaq Ukhuwah Islamiyah yang bergerak di bidang sosial dan tercatat dengan Akta Notaris Abdurachim, S.H., No. 11 tanggal 4 April 1996, yang sekarang dikenal dengan sebutan LMI.

LMI yang berkantor pusat di Surabaya ini, sejak 1995 hingga awal tahun 2016 masih berstatus sebagai Lembaga Amil Zakat (LAZ) tingkat provinsi berdasar Surat Keputusan Gubernur Jawa Timur nomor : 451/1705/032/2005, dengan jumlah penerima manfaat lebih dari 80.000 orang. Dengan kerja keras, bukti pengelolaan sebagai LAZ Provinsi yang baik, dan kepercayaan publik, LMI berhasil naik kelas. Tepat pada 29 April 2016 LMI ditetapkan sebagai LAZ Nasional ke-5 oleh Kementerian Agama RI dengan SK Nomor 184 Tahun 2016.

Kini, LMI telah memiliki tujuh kantor perwakilan di tujuh provinsi yang menjadi persyaratan lembaga amil zakat nasional. Pertumbuhan rata-rata penyaluran empat tahun terakhir sebanyak 33,33 persen dengan nilai total penyaluran 2015 hingga 2018 sebesar 120 milyar. Laporan keuangan LMI telah diaudit secara berkala oleh pihak akuntan publik dengan hasil wajar tanpa pengecualian.

LMI meraih Baznas Award 2017 kategori Laz Nasional dengan Pendistribusian dan Pendayagunaan terbaik. Program Pemberdayaan desa LMI masuk pada outlook Baznas 2018. Tidak hanya secara nasional, kontribusi LMI juga berskala internasional dengan menjadi anggota Indonesia Humanitarian Alliance (IHA), dalam koordinasi kementrian luar negeri.