Pada tahun 1994, ada gejolak di hati para alumnus STAN (Sekolah Tinggi Akuntansi Negara) – Program Diploma Keuangan  yang bekerja sebagai pegawai di lingkungan Departemen  Keuangan dan BPKP (Badan Pemeriksa Keuangan dan Pembangunan) di wilayah Jawa Timur. Kegelisahan itu muncul melihat belum adanya suatu lembaga formal yang dapat memberikan solusi terpadu tentang masalah ekonomi dan sosial di kalangan umat Islam khususnya di Jawa Timur.

Maka tepat pada 17 September 1994 bertempat di malang, para alumni sepakat untuk membentuk sebuah wadah yang bergerak di bidang penghimpunan dana zakat, infaq, dan shadaqah yang selanjutnya dilakukan pendistribusian dan pengelolaan yang tepat. Kemudian berdirilah Yayasan Lembaga Manajemen Infaq Ukhuwah Islamiyah yang bergerak di bidang sosial dan tercatat dengan Akta Notaris Abdurachim, S.H., No. 11 tanggal 4 April 1995, yang sekarang dikenal dengan sebutan LMI.

Sejak 1995 tersebut hingga awal tahun 2016, LMI berstatus seagai lembaga Amil Zakat (LAZ) tingkat provinsi, dengan jumlah penerima manfaat lebih dari 80.000 orang. Dengan kerja keras, bukti pengelolaan sebagai LAZ Provinsi yang baik, dan kepercayaan publik, LMI berhasil naik kelas. Tepat pada 29 April 2016 LMI ditetapkan sebagai LAZ Nasional ke-5 oleh Kementerian Agama Ri dengan SK Nomor 184 Tahun 2016.